Illumina Hiseq 2000 能够对特定组织/细胞中的基因表达标签进行高通量并行测序。实验流程：DNase I酶切Total RNA，分离ImRNA并随机中断IcDNA第一链和第二链合成，IDNAt片段I的末端修复，在DNAt片段末端的DN片段I的3'端添加A碱基添加特定的适配器IPCFT以增加与适配器连接的DNA片段。

HiSeq 2000 可以在单流通池或双流通池模式下运行，并同时运行需要不同读取长度的应用程序。 DNA片段文库制备整个过程仅需2天，单端测序长度可达100bp，双端测序长度可达200bp。实验流程：基因组DNAM机打断特定大小的片段（2-10kb范围可选），末端修复，生物素标记环化，从大片段两端得到总共400-600bp的DNA片段修饰，并添加适配器到PCFT以增加适配器。 DNA片段文库检测D.

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HiSeq 2000测序系统是前所未有的高通量测序系统，不仅提高了测序通量、降低了成本，而且还具有创新的用户体验。 NextSeq 500于2014年初上市，其测序通量介于MiSeq和HiSeq之间。它是目前最灵活的测序平台，可以处理高、中、低通量要求，例如外显子组、转录组和人类全基因组测序。

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然后对这些捕获的片段进行末端修饰并添加特定的接头以构建大型片段库。无需克隆到细菌中。这些大片段文库的两端直接在Illumina Hiseq 2000上进行测序。ChIP-Seq是继ChIP-ChIP之后蛋白质/核酸相互作用研究的又一技术突破。产品优势HiSeq 2000 能够在单次运行中生成600 Gb 的数据，每天生成55 Gb 的数据。

基于高效的亚硫酸氢盐处理结合新一代高通量测序技术Illumina Hiseq 2000，全基因组水平的高精度甲基化检测已成为现实。整个实验过程仅需10天即可完成，每个样本可以获得超过250万条Small RNA序列。

通过Illumina Hiseq 2000，可以利用Small RNM规模测序分析获得基因组水平的物种范围的miRNA图谱，包括新miRNA分子的挖掘、目标基因的预测和识别、样本之间的差异表达分析以及聚类和分析。 miRNA 的表达。光谱分析和其他科学应用。 Illumina Hiseq 2000用于大规模测量mRNA痔疮以获得转录本信息。该技术具有通量高、覆盖范围广、准确率高等特点。

HiSeq 2000 具有简化且直观的单操作员流程，只需10 分钟的实际操作时间即可启动和运行。 2016年收购Solexa，获得新一代高通量测序技术，从而成为市场主流测序技术公司。

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